Денисова пещера расположена в бассейне верхнего течения р. Ануй, в низкогорно-среднегорной зоне Северо-Западного Алтая (500 – 700 м для дна долины). Географические координаты района – 51°23’48 – 51°22’50 с.ш. и 84°40’35 – 84°41’20 в.д. С запада и востока он ограничен линейно вытянутыми с северо-запада на юго-восток водоразделами Бащелакского (2000 – 2200 м) и Ануйского (1200 – 1500 м) хребтов. С юга бассейн Ануя отделен от Канской межгорной впадины серией субмеридиональных хребтов (Чичке, Усунбут, Лешик-ту) с абсолютными отметками 1200 – 1600 м, разделенных низковысотными перевалами. На севере долина открывается на возвышенную Предалтайскую равнину, где Ануй впадает в Обь ниже г. Бийска. С запада долина Ануя граничит с бассейном р. Чарыш (левый приток Оби), с востока – с бассейном р. Песчаная (левый приток Катуни).
Одна из наиболее древних археологических находок, содержащая протославянский ромбо-меандровый орнамент [2, 3, 4], зафиксирована на стоянке Денисова пещера – в слое 11 возрастом 37235 лет, на находке 1, изображённой на рис. 2 под номером 1 [1, рис. 70].
По найденному в отложениях горизонта 22.1 (171 ± 43 тыс. л.н. (РТЛ-737)) антропологическому материалу (левый нижний второй молочный моляр Т2 ребенка 7 – 8 лет, а также в отложениях слоя 12 – левый верхний медиальный резец I1 взрослого субъекта) К. Тернер заключил, что зубы ископаемых гоминидов из Денисовой пещеры обладают рядом хорошо выраженных черт неандертальского одонтологического комплекса, тяготеющего к представителям европейских, а не азиатских групп Homo sapiens neandertalensis.
Заселение людьми этого района началось в период с 1,5 млн. лет назад до 300 тыс. л.н.
